Yeni Cuma camii 17 Ağustos 1999 deprem felaketinde hasar görmedi, ancak minaresi ağır hasar aldı. Depremin ardından minarenin orijinal taşları kullanılarak restorasyon yapıldı. Yeni Cuma Camiinin ana yapısının ve şadırvanının elden geçirilmesi için Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından onay verildi, röleve çalışması tamamlandı.
Caminin ilk önce şadırvanı elden geçirilecek. Şadırvanın çatı kısmında bulunan sonradan yapılmış metal ağırlıklı kısımlar sökülecek ve eski haline dönüştürülecek. Caminin sundurması yenilenecek. Bu arada elektrik tesisatı ana iskelet üzerinden geçirilmeyecek, güvenli bir şekilde montajı yapılacak. Restorasyon çalışması boyunca caminin ibadete kısmi olarak devam edeceği öğrenildi.
